Le rocce del Medio-Basso Mendrisiotto raccontano l’evoluzione della Terra fra il Triassico e l’epoca attuale. Le formazioni della Valle della Motta documentano gli ultimi 25 milioni di anni di questa complessa evoluzione paleo-geografica e climatica.

I sedimenti più antichi sono quelli del Flysch tardo cretacico e dalla Gonfolite Lombarda di età oligo-miocenica. Le rocce sono incise da profondi canyon ora sepolti, la cui base si trova a 500 m sotto il livello del terreno, e che testimoniano l’essiccamento del Mediterraneo nel messiniano (5-6 milioni di anni fa). Fra 4 e 5 milioni di anni fa la rottura del diaframma a Gibilterra riportò le acque nel Mediterraneo, che penetrarono in profondità sul versante Sud delle Alpi. I canyon furono successivamente colmati da sedimenti provenienti dall’erosione delle Alpi.
La Valle della Motta, fino a ca. 2 milioni di anni fa, si trovava su un braccio di mare che penetrava dal Golfo Padano, come documentano le argille marine affioranti nella parte inferiore della valle. La ricca fauna fossile (bivalvi, ricci di mare, gasteropodi, rari crostacei e pesci) della cava di Castel di Sotto (Geotopo di importanza nazionale), testimonia condizioni temperate, di mare poco profondo.
I sedimenti quaternari, di origine glaciolacustre e fluvio-deltizio, si formarono durante l’ultima fase di espansione glaciale wurmiana, denominata Episodio di Cantù (Pleistocene superiore).
In quel periodo la Valle della Motta si trovava nella zona di contatto di due bacini distinti: a Nord quello di Capolago-Mendrisio-Stabio e, a Sud-Est, quello di Como-Chiasso. In epoca glaciale il territorio del Comasco e del Mendrisiotto era coperto da un’estesa coltre di ghiaccio, formata dall’unione del lobo di Cernobbio-Chiasso-Faloppio del ramo lariano con quello di Porlezza-Capolago-Stabio del Ghiacciaio dell’Adda.
Al termine della Fase di Cantù (24-22’000 anni fa) i due bracci di ghiaccio si separarono.
Dopo il loro ritiro verso Mendrisio-Capolago e Chiasso-Cernobbio (ca. 22’000 anni fa), le acque di fusione trasportarono grosse quantità di sedimenti che formarono grandi delta, vaste piane fluvioglaciali e permisero lo sviluppo di numerosi laghi. La forma, dimensioni e posizione di questi ultimi variava in funzione della loro posizione e della distanza rispetto al fronte dei ghiacci.
Al loro ritiro, alcune migliaia di anni dopo, inizialmente fino a Cernobbio e più tardi fino a Tremezzo-Bellagio, si formò un vasto delta che a Maslianico separava i laghi di Como e Chiasso. A seguito del suo collasso, i due laghi si unirono. L’ulteriore ritiro del ghiacciaio verso Nord determinò l’unione del Lago di Como con quello di Lecco.